Unweit der Zitadelle und von dieser aus wunderbar anzusehen, dominieren zwei direkt beieinander erbaute Moscheen das Stadtbild. Es handelt sich um die Sultan-Hassan-Moschee und die ar-Rifai-Moschee. Letztere ist ein Bauwerk jüngeren Entstehungsdatums, errichtet zwischen 1869 und 1912. Veranlasst wurde der Bau durch Khushyar Hanim, die Mutter des Khediven Ismail Pascha. Die Bautätigkeit wurde nicht fortlaufend durchgeführt, unter anderem musste Ismail Pascha abdanken und seine Mutter, die Bauherrin, verstarb. Erst nach jahrelangen Unterbrechungen ließ Khedive Abbas II. die Moschee unter der Aufsicht von Max Herz, einem Architekten aus Österreich, vollenden.
Der Standort für die neue Moschee wurde aus zwei Gründen gewählt: Er lag direkt neben der altehrwürdigen Sultan-Hassan-Moschee und auf dem Grund befand sich der Pilgerschrein des islamischen Mystikers Ali Abu Schibbak ar-Rifai. Der Stil der ar-Rifai-Moschee orientiert sich deutlich an der aus dem 14. Jh. stammenden Nachbarmoschee und stellt eine bewusst antiquierte Mixtur mamlukischer Bauweisen dar. Die äußere Erscheinung der Moschee, wie die Positionierung der Minarette, die festungsartigen Außenmauern sowie die Höhe des Bauwerks sind ebenfalls an die Sultan-Hassan-Moschee angelehnt, so dass die beiden Gebäude auf den ersten Blick wie eine bauliche Einheit wirken.
Neben ihrer Nutzung als Gebetshaus dient die ar-Rifai-Moschee als Mausoleum der letzten Mitglieder der Herrscherdynastie, die von Muhammad Ali begründet wurde. Unter anderem sind die Bauherrin Khushyar Hanim und ihr Sohn Khedive Ismail Pascha hier bestattet, ebenso wie die letzten Könige Ägyptens, Fuad I. und Faruk, aber auch der ehemalige, im Exil lebende Schah von Persien, Muhammad Reza Pahlavi. Einige Grabstätten werden bis heute von Pilgern aufgesucht.
Die architektonische Gestaltung der Moschee ist ungewöhnlich, anders als meist üblich verfügt sie nicht über einen offenen Hof, sondern im Kern aus einer langrechteckigen großen Gebetshalle, die seitlich von Räumen flankiert wird, in denen sich die Grabstätten der Herrscher und Ihrer Angehörigen befinden. Der gesamte Bereich ist vollständig überdacht. Der meterhohe, königliche Haupteingang ist von hohen Säulen gerahmt, er befindet sich an der Westseite; wie die Sultan-Hassan-Moschee hat auch die ar-Rifai-Moschee zwei Minarette.
Die ar-Rifai-Moschee gilt als eine der farbenfrohesten, modernsten Moscheen Kairos, tatsächlich zeichnen sich die Innenräume durch bunte Verzierungen, wertvolle, verschiedenfarbige Marmorsorten, Stuck- und Golddekor aus. Die Hauptgebetsnische etwa ist von vier schwarz-weißen Säulen gerahmt, ihr Inneres mit weiteren vielfarbigen Marmorsorten ausgelegt, die Gebetskanzel direkt daneben besteht aus edlem Holz, sie ist überreich ornamental verziert und mit gold- und lilafarbenem Dekor verziert. Die Wände der Moschee sind mit farbig gestalteten Koranversen verziert und teils mit Buntglasfenstern versehen, einzelne Räume sind mit aufwändigen Wandvertäfelungen ausgestattet. Der Boden ist mit schönen Teppichen ausgelegt, stellenweise auch mit buntem Marmor gepflastert.
Die Grabdenkmäler sind imposant, in ihrer Grundform rechteckig und meist mehrstöckig ausgeführt. Ihr Dekor erinnert zum Beispiel an Architektur mit Bögen und Zinnen oder weist pflanzliche Elemente auf. Die Sarkophage sind teils schlicht in hellem Marmor mit goldfarbenem Dekor ausgeführt, teils aus mehrfarbigen Gesteinen zusammengesetzt; Inschriften benennen die Bestatteten.
Die Vorderseite des ägyptischen 10-Pfund Geldscheines zeigt die ar-Rifai-Moschee von Südosten aus gesehen.
